Chyba się nie spodziewał, że pojawi się na murawie aż tak wcześnie. Już w 10. minucie zmienił bowiem kontuzjowanego Pawła Golańskiego i tym samym zaliczył reprezentacyjny debiut. Leo Beenhakker zwrócił na niego uwagę po dobrych występach w Dynamie Moskwa. Holender był zadowolony z jego postawy i dał mu szansę także w kolejnych spotkaniach – już o punkty eliminacji MŚ 2010 – ze Słowenią i San Marino. Na następne powołania Marcin Kowalczyk czekał do listopada 2009 roku, kiedy to wystąpił w meczach Rumunią i Kanadą już za kadencji Franciszka Smudy. Po starciach z Bułgarią i Kamerunem zniknął z orbity zainteresowań tego szkoleniowca. Po blisko 3 latach otrzymał powołanie od Waldemara Fornalika na towarzyskie starcie z Liechtensteinem i o punkty z Mołdawią (el. MŚ 2014). Nie zagrał w nich ani minuty. Ostatni raz w biało-czerwonych barwach wystąpił 19 listopada 2013 roku za Adama Nawałki – w towarzyskim spotkaniu z Irlandią w Poznaniu. Bilans Kowalczyka w reprezentacji Polski to zaledwie 8 meczów.