Po zawieszeniu butów na kołku został trenerem. Pracę rozpoczął FC Wohlen, gdzie łączył grę z prowadzeniem drużyny. W 2006 roku został szkoleniowcem Górnika Zabrze. Na tym stanowisku wytrwał zaledwie 4 miesiące. Powodem był konflikt z częścią zawodników.
Komornicki wrócił do Szwajcarii, gdzie trenował m.in. FC Aarau. Ale w sezonie 2009/10 ponownie objął... Górnika. Niestety i ta misja zakończyła się szybko, bo już w grudniu 2009 r.
Po kolejnych zagranicznych wojażach (Luksemburg, Egipt, Szwajcaria) pojawił się w Polsce 6,5 roku później. W czerwcu 2016 r. trafił do odradzającego się Widzewa Łódź. Do jego zadań należało koordynowanie grup młodzieżowych. Jednak i ta przygoda zakończyła się bardzo szybko, bo już w październiku.
Od stycznia 2017 r. „Koko” odnalazł się w Ruchu Chorzów, gdzie został koordynatorem do spraw szkolenia. W kolejnych latach pracował m.in. w Siarce Tarnobrzeg (jako trener) i GKS-ie Tychy. W drugim klubie objął stanowisko dyrektora sportowego, a po zwolnieniu Ryszarda Tarasiewicza, tymczasowo prowadził pierwszy zespół.
Po wyjeździe z Polski w 2020 r. pracował w 1. FC Kaiserslautern (jako asystent), a następnie w Szwajcarii, gdzie trenował FC Wohlen. W 2023 r. był szkoleniowcem FC 08 Villingen, klubie z niemieckiej Oberligi (5. liga).