Piłkarska kariera obrońcy urodzonego w Kostrzynie nad Odrą rozpoczęła się w miejscowej Celulozie. To stamtąd wyruszył w Polskę, aby szukać szczęścia w najwyższej klasie rozgrywkowej. Pierwszym przystankiem była Amica Wronki, „wchłonięta” kilka lat później przez Lecha Poznań (w wyniku fuzji obu klubów). To w Wielkopolsce „Dyzio” odnosił największe sukcesy i stąd trafił do drużyny narodowej.

Debiutanckie spotkanie w reprezentacji zaliczył po nieudanych dla Polski mistrzostwach Europy w Austrii i Szwajcarii. 10 września 2008 roku Leo Beenhakker dał mu zagrać 90 minut w wyjazdowym starciu z San Marino (2:0) w eliminacjach mistrzostw świata 2010. Na Stadio Olimpico w Serravalle debiutował nie tylko Wojtkowiak, ale także Robert Lewandowski, który zdobył premierową bramkę w kadrze. Na boisku mogliśmy zobaczyć jeszcze m.in. Łukasza Fabiańskiego, Marcina Kowalczyka, Euzebiusza Smolarka i Łukasza Piszczka.

Wojtkowiak zaliczył 23 występy w drużynie narodowej. Mimo że w latach 2010-2011 był etatowym reprezentantem, to nie było mu dane zagrać na wielkiej imprezie – a taką były mistrzostwa Europy w Polsce i Ukrainie w 2012 roku. Franciszek Smuda powołał „Dyzia” do kadry na turniej, ale ostatecznie nie skorzystał z jego usług.

Po Euro 2012 Wojtkowiak przeniósł się do TSV 1860 Monachium. Jako gracz klubu z 2. Bundesligi wystąpił w kadrze tylko 4-krotnie, w tym dwa razy w eliminacjach MŚ 2014 za kadencji Waldemara Fornalika – z Ukrainą (0:1) i Anglią (0:2).

Ostatni raz zagrał w narodowych barwach 6 czerwca 2014 roku na PGE Arenie w Gdańsku (tak wówczas nazywał się obiekt Lechii) w towarzyskim spotkaniu z Litwą (2:1). Biało-czerwonych prowadził wówczas Adam Nawałka, a w ekipie biało-czerwonych mieliśmy okazję zobaczyć m.in. Artura Boruca, Macieja Wilusza, Mateusza Klicha czy Arkadiusza Milika.

Ostatnie lata kariery na poziomie ekstraklasy Wojtkowiak spędził w Gdańsku. Początkowo był ważną postacią Lechii, ale z czasem zaczęły go prześladować kontuzje. Grał coraz mniej, aż w końcu wylądował w drużynie rezerw.

W 2019 roku opuścił Trójmiasto i został zawodnikiem rezerw Lecha Poznań, gdzie miał być kimś w rodzaju mentora dla młodych zawodników. Buty na kołku zawiesił 2 lata później, w wieku 37 lat. Pozostał jednak w klubie ze stolicy Wielkopolski i został włączony do sztabu szkoleniowego w Akademii Lecha Poznań. Od 28 maja 2024 roku Wojtkowiak jest trenerem drugiego zespołu „Kolejorza”, który występuje na trzecim poziomie rozgrywek ligowych. 

► Mistrz Polski z Lechem Poznań (2010)
► Puchar Polski z Lechem Poznań (2009)
► Uczestnik mistrzostw Europy w Polsce i Ukrainie (2012)
► 1/16 finału Pucharu UEFA (2009) i 1/16 finału Ligi Europy (2011) z Lechem Poznań